La forma desarrollada, mejorada y modificada del Omnitrix. Este tiene todos los poderes y las capacidades del original Omnitrix , el poder y la capacidad de convertirse en los alienígenas de Ben de antes y en sus nuevas versiones de los mismos con la capacidad de sacarlos a una version evolucionada de los mismos haciendolos mucho más fuertes con capacidades mucho mejores y más poderosas. Para activar este cambio, Ben presiona el símbolo Omnitrix, haciéndolo cultivar cuatro puntos y transformar al alienígena en su forma suprema. Como el Omnitrix, el Súper Omnitrix tiene la capacidad de probar el ADN de cualquier alienígena que ya no es almacenado en ello. Sin embargo, en vez del alienígena que tiene que tocar ello, el Súper Omnitrix puede obtener la muestra por descubriendo al alienígena y automáticamente enviando una exploración que brilla la onda de energía amarilla. Ben aún tiene el acceso a todos los alienígenas en los que él se transformó en Ben 10 y Ben 10: Fuerza Alienígena12 * Amenaza Acuatica